一、遵循的原则
自愿原则：管理专利工作的部门调解专利纠纷时，应促使当事人平等协商达成调解协议，这体现了当事人自愿参与调解的原则。
合法原则：调解过程和达成的调解协议必须符合法律法规的规定，确保调解的合法性。
公正原则：在行政裁决案件办理中，合议组“少数服从多数、全面审议、全面记录”的工作方式，避免个人偏见对案件结果的影响，确保决策公正性。例如在专利侵权判断实体标准等方面有明确规定，为公正裁决提供规则支持。
及时原则：《办法》对案件办理的各类时限作出详细规定，如行政裁决的处理时限通常为立案后3个月，最长不超过6个月；调解专利权权属纠纷，结案期限最长不得超过3个月等，确保行政裁决的及时性和效率。
二、具体处理方式
1. 自行协商：发生专利侵权纠纷后，当事人可以自行协商解决。
2. 行政裁决
合议制：办理专利行政裁决类案件采用与《民事诉讼法》类似的合议制。向请求人发出立案通知时，执法部门应同时指定三名或者三名以上单数办案人员组成合议组，负责处理该专利侵权纠纷。合议组在案件处理过程中可决定多个事项，如是否延期答辩、是否进行口头审理、是否进行线上口头审理及是否进行技术鉴定等。
回避制度：《办法》新增当事人可申请办案人员回避的规定。办案人员若接受当事人或代理人的请客送礼，或违规会见当事人或代理人，当事人有权要求其回避，并明确提出回避请求的时限。回避制度还适用于技术调查官、书记员、翻译人员、鉴定人和辅助人员。
专利侵权判断实体标准：《办法》专节规定了专利侵权判断实体标准，涉及专利保护范围、侵权判断中全面覆盖原则、禁止反悔原则、捐献原则以及相同侵权和等同侵权的判断标准等关键问题，还阐述了药品专利纠纷早期解决机制等特殊内容，为办案人员提供明确的规则指引。
3. 调解
调解协议：双方当事人达成一致的，制作专利侵权纠纷调解协议书，加盖管理专利工作的部门的公章，并由双方当事人签字或者盖章。
调解不成的处理：调解不成的，应当及时作出行政裁决。
4. 诉讼：不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉。
三、案例说明
在网易有道与科大讯飞的专利纠纷案例中，两家公司之间的争议持续已久，涉及民事诉讼、专利权无效宣告请求以及行政诉讼等多个法律程序。为妥善解决纷争，该案二审合议庭认真研究了网易有道的第一代至第四代翻译笔产品的外观设计，详细整理了涉案专利申请日前市场上的翻译笔产品的现有设计，并对相关民事案件和行政案件进行了细致梳理。合议庭在对涉案专利与被诉侵权产品的外观设计进行仔细对比、总结相同点及不同点以及对案件所涉及的法律问题进行详细梳理后一致认为，通过调解使当事人达成和解应是最佳解决方案。最终，两家公司的和解条件逐渐靠拢，并最终就两起案件达成一揽子和解，分别撤回行政案件与民事案件的起诉，双方持续4年的纠纷得以圆满解决。
