eCTD（Electronic Common Technical Document）电子提交系统在处理文件的长期保存和归档时，通常会采用以下几种方式：

1. 文件压缩技术：通过使用ZIP、RAR等压缩工具，可以将eCTD文件包的大小减小60%-80%，从而节省存储空间并便于长期保存。

2. 信息系统支持：eCTD提交的主要功能是进行数据交换，需要开发信息系统以处理eCTD提交文件。这些系统可支持电子审评流程，确保文件在长期保存和归档过程中的可访问性和可用性。

3. 权限控制和实时更新：对于文件的管理，电子系统能够实现严格的权限控制和实时更新，这对于纸质文件来说是很难实现的。这种功能确保了文件的安全性和时效性，有助于长期保存和归档。

4. 数据质量体系构建：基于信息化技术构建的数据质量体系，包括数据质量与真实完整性、全风险流程管理等方面，有助于确保eCTD文件在长期保存和归档过程中的质量。

5. 电子管理系统的优势：电子管理系统能够解决纸质文件管理中的难题，如大量文件检索、严格的权限控制和划分等。这些优势使得eCTD文件在长期保存和归档过程中更加高效和安全。

6. 符合法规要求：eCTD文件的长期保存和归档需要符合相关法规要求，如GXP数据的永久保存等。这确保了文件在长期保存和归档过程中的合规性。

eCTD电子提交系统通过文件压缩、信息系统支持、权限控制、数据质量体系构建、电子管理系统的优势以及符合法规要求等方式，来处理文件的长期保存和归档。这些措施确保了eCTD文件在长期保存和归档过程中的完整性、可访问性、安全性和合规性。