eCTD（Electronic Common Technical Document）电子提交的兼容性主要体现在以下几个方面：

1. 与不同系统的兼容性

eCTD的文件格式通常基于XML（可扩展标记语言）架构，这使得文件具有高度的结构化和标准化特点。XML格式提供了清晰的标记和层次结构，便于数据的组织、传输和处理，能够确保不同系统之间的兼容性和互操作性，使得申报资料在各个相关方之间能够准确无误地流转。

2. 与不同地区监管要求的兼容性

eCTD是一种被广泛应用于全球药品监管机构申报过程中的电子文档提交格式。不同地区的监管要求可能存在差异，但eCTD软件解决方案（如eCTDmanager）可以支持世界上所有区域的提交结构及格式要求，适用于未来标准如eCTD4.0或RPS，并且能够快速兼容全球最新的监管法规变化，确保符合ICH（国际人用药品注册技术协调会）及地区性的文件名和21CFR Part 11等要求。

3. 与不同类型申报的兼容性

eCTD软件（如eCTDmanager）可以根据eCTD，NeeS，ACTD，eCopy，IMPD，CTA，PIP，VNeeS，DMF，ASMF和其他区域格式进行兼容申报，支持并行申报（MAA、NDA、BLA、NDS和IND）等多种类型的申报。

4. 对未来标准的兼容性

eCTD软件（如eCTDmanager）对未来的标准如RPS或eCTD4.0已做好了准备，能够适应不断发展的技术和监管要求的变化。

5. 与其他系统的集成兼容性

eCTD软件（如eCTDmanager）可以与DMS（文档管理系统）和BIOVIA，Microsoft SharePoint，OpenText Content Server and Documentum（前身EMC² Documentum），Veeva以及其他几个文件管理系统集成，提高了整体的兼容性和工作效率。